環境調査研修所で行う研修については、環境省組織令（平成12年政令第256号）第42条第2項第1号によって、「環境省の所掌事務に係る事務を担当する職員その他これに類するものの養成及び訓練を行うこと。」と規定されている。
環境行政は、最新の科学技術等に基盤を置くという専門性及び様々な領域にまたがるという複合性を併せ持ち、かつ、国際協力が求められることも少なくない。研修の実施に際しては、このような環境行政の性格に十分配慮する必要がある。
こうしたことから、当研修所の研修生は環境省職員、他省庁及び地方公共団体等において環境行政を担当する職員など多岐にわたる。これは、他の文教研修施設と比較しても、大きな特色となっている。

　環境調査研修所では、上記のような幅広い研修生の職務遂行に必要な専門的知識及び技術を習得させるとともに、行政的視野の拡大及び行政的識見の向上を図るため、以下の4種類の研修を実施している。

(1) 行政研修

　環境省の所掌事務（国際研修の対象となるものを除く。）のそれぞれにつき、当該業務の遂行に必要な専門的知識などを習得させることを目的とする。
なお、廃棄物・リサイクル対策などの分野においては、研修生の実務経験や対象分野の専門性に対応した段階別の研修コースを実施している。

(2) 国際研修

　地球環境保全及び国際環境協力について、当該業務の遂行に必要な専門的知識等を習得させることを目的とする。
このうち、国際環境協力については、研修生の実務経験や関心の度合いに対応した段階別の研修コースを実施している。また、1999（平成11）年の第1回日中韓三ヵ国環境大臣会合における合意に基づき、各国の環境行政担当職員等を対象とした研修（「日中韓三ヵ国合同環境研修」）を協同実施している。

(3) 分析研修

　環境分析業務の遂行に必要な専門的知識及び技術を習得させることを目的とする。

(4) 職員研修

　環境省において業務を遂行する職員を対象として、階層別及び職種ごとに知識等の習得や資質の向上を図ることを目的とする。

　環境調査研修所で行う研修は、その目的及び対象者に応じて、講義、演習、実習等によって構成される。また、原則として合宿制をとることによって、研修生の連帯感養成及び相互啓発を図ることとしている。